この世界は《嘘》だ。目を覚ませ。昼はプログラマー、夜は天才ハッカー“ネオ”として生きるトーマス・アンダーソン。彼は、自分が生きるこの世界に、言葉にできない違和感を常に感じていた。
ある日、彼のPCに「起きろ、ネオ」という不可解なメッセージが届く。その導きは、彼をミステリアスな男モーフィアスへと引き合わせる。モーフィアスが語る真実。それは、この世界がAIによって作られた仮想現実「マトリックス」であるという驚愕の事実だった。
そしてその世界を支配するのは、物理法則さえも無視する冷酷な監視プログラム“エージェント”。モーフィアスは信じていた。ネオこそが、人類を機械の支配から解放する“救世主”であると。だが、ネオ自身はその運命を受け入れられない。
そんな中、仲間の裏切りによってモーフィアスがエージェントに捕らわれてしまう。すべてを終わらせるため、ネオはマトリックスへの帰還を決意する。疑念と絶望を前に、ついに彼の秘められた力が狂気的な覚醒を遂げていく―。
